Minh Sư Đạo tự nhận là mình có nguồn gốc từ môn phái Phật Đường của Phật giáo Thiền tông tại Trung Quốc, mặc dù trong Lịch sử Thiền Tông Trung Quốc không có chi phái chính thống nào tên là Phật Đường và các giáo lý, quan điểm mà Minh Sư Đạo truyền bá không phải là Thiền Tông hay Phật Giáo Chính Thống, mà pha trộn giữa các tôn giáo ở Trung Quốc. Đến cuối nhà Minh, vào năm Thiên Khải thứ 3 (1623) môn phái Phật Đường tiếp tục được chấn hưng nhờ công của Hoàng Đức Huy. Tuy nhiên, nó chỉ hưng thịnh một thời gian ngắn rồi suy tàn khi người Mãn Châu diệt nhà Minh thành lập nhà Thanh.Những năm đầu triều Thanh, đạo Minh Sư hình thành mượn tư tưởng của Phật Đường. Minh Sư Đạo bộc lộ tư tưởng Phản Thanh Phục Minh, nhưng vẫn giải thích rằng Minh Sư là người thầy sáng suốt. Triều đình nhà Thanh do đó đã nhiều lần đàn áp khiến một bộ phận tín đồ theo dòng người Hoa ra hải ngoại trong đó có Việt Nam[2]

Cuối thế kỷ 19, Kim Tổ Sư - Lâm Y Bí (truyền thừa thứ 16) đã phân công cho Trưởng lão Đông Sơ Trương Đạo Dương sang Việt Nam năm 1863 [3]. Vị này đã lập tại Cầu Kho (Chợ Lớn) một Phật Đường gọi là Chiếu Minh Phật Đường. Sau đó trở về Trung Quốc rồi lại sang Thái Lan truyền đạo. Sau này khi 3 tỉnh miền Đông bị Pháp chiếm, ông có ghé qua Hà Tiên lập 1 ngôi Phật Đường nữa có tên là Quảng Tế Phật Đường.

Sau khi lập Quảng Tế Phật Đường, số bổn đạo Minh Sư phát triển ngày càng đông. Những ngôi chùa Minh Sư đầu tiên được xây dựng chủ yếu thu hút tín đồ trong cộng đồng người Hoa. Tuy nhiên tư tưởng cứu thế theo tinh thần Tam giáo và có những hình thức sinh hoạt tôn giáo gần gũi với người Việt Nam. khẩu hiệu Phục Minh bài Thanh sau đó cũng đã được đổi thành Phục Nam bài Pháp tại Việt Nam, nên trong thời gian ngắn Minh Sư đã có ảnh hưởng tới cộng đồng người Việt ở Nam Bộ. Cơ cấu tổ chức của giáo hội được hình thành từ năm 1962 [3]

Trong quá trình hình thành và phát triển ở Việt Nam, đạo Minh Sư đã góp phần phục vụ dân tộc, xây dựng hòa bình và có nhiều hoạt động gắn bó với xã hội trên tinh thần "nước có vinh thì đạo mới sáng" [1] Trong hai cuộc chiến tranh, nhiều Phật Đường của Minh Sư là cơ sở cách mạng, làm liên lạc, nuôi giấu cán bộ của Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam. Tiêu biểu là Thái Lão sư Nguyễn Đạo Cơ (Nguyễn Giác Nguyên) trụ trì Nam Nhã Phật Đường đã được tặng Bằng khen của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng Phạm Văn Đồng, Nam Nhã Phật Đường cũng đã được công nhận là di tích lịch sử - văn hóa Quốc gia.[2]